杨嗣昌主张驱贼入川的战略，调离四川精锐入楚，四川巡抚邵捷春领二万老弱残兵守重庆。

所倚重的将领只有张令和秦良玉，但邵捷春不争山夺险，消极防守，让秦良玉在重庆附近三四十里处设防，派遣张令守黄泥洼。

秦良玉乃向已经辞官的绵州(今四川省绵阳市)知州陆逊之感叹，深刻指出这种布防的弊端，以与邵捷春一同战死为耻。

不久，邵捷春移营至大昌，监军万元吉也屯兵巫山，与秦良玉相互呼应。

十月，张献忠先后在观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡过长江进军。

秦良玉与张令急率军于竹箘坪阻击，挫败了贼军的前锋。

但不久张令战死，秦良玉前去援救没有成功，辗转作战又失败了，部下的三万人几乎全部战死。

秦良玉于是单独求见邵捷春，建议调用自己二万溪峒的士兵用来击破贼军，自己愿出一半粮饷，其余一半需要官府支持。

但邵捷春与杨嗣昌不合，且仓库中没有现成的粮食，所以拒绝了。秦良玉就只好叹息而归。

当时摇天动、黄龙等十三家贼兵在四川横行。

有一个叫秦缵勋的人，是秦良玉的族人，给贼兵当了耳目，被捉拿后杀死狱卒逃跑了。

良玉抓获了他，把他交给了官府，他的手下也没有一个逃脱。

遗憾终老

崇祯十六年(1643年)，张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川。

秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘。

但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。

崇祯十七年(1644年)，张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。

张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说:

“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立!“