小智等人乘船来到伊吕波三岛,在这里意外遇到前来调查珍珠贝为何在特定岛上,只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题的小田卷博士!
根据博士的研究,解开进化的秘密的关键,在于深海之牙与深海之鳞上。于是小智等人为了解开海底谜题,与岛上的观念不同,却又相互喜欢对立进化型的奈美子小妹妹和菊间小弟弟一起前往古老传说中的洞窟探索!
最终在两座岛屿上,分别找到了深海之鳞与深海之牙,奈美子的珍珠贝进化成她喜欢的樱花鱼,菊间的珍珠贝进化成他喜欢的猎斑鱼!成功化解了吕岛与波岛的矛盾!
告别小田卷博士,小智等人离开了伊吕波三岛来到了刚迦岛,在这里小智与岩清水来了场双打比赛,以过动猿与美纳斯组合轻松打败了岩清水,美纳斯成功进阶普通顶峰。
在这里还碰到了,不知道发什么疯要锻炼肌肉的火箭队,因为他们没有捣乱小智也就没管他们!
可是他们前往绿岭市时,却搭上了火箭队的船,让小智直呼大意了,好久没见火箭队使他竟然放松了警惕,被抓住的皮卡丘在两队争夺,皮卡丘烦的直接一发十万伏特,火箭队飞天,小智等人落海!
现在小智一行人正在抱着一块浮板,漂泊在海上,小智一直在发动全力波导之力,希望能找到船只,他们就可以获救了!
这时,小智的波导之力发现了一个熟悉的波导向他们靠近,小智嘴角一抽,突然不想被救了,因为这个熟悉的波导,小智没记错的话好像是火村!
真是怕什么来什么,就在这时,海面一阵颤动,从小智等人下方升上来一只红色的潜水艇!
小遥惊喜道:“太棒了!是潜水艇!”
“说不定,我们可以请这些人救救我们。”
小智连忙阻止道:“等一下,这个潜水艇不出意外的话是火岩队的!大家快躲起来!”
“火岩队!”x3,连忙跟着小智藏了起来。
果然火岩队的队员正在眺望塔上观察,小智等人便潜伏在潜水艇上,一路来到了火岩队的海上基地!
“报告,第三行动队,巡逻任务已经执行完毕。”其中一名火岩队队员向着一位红头发的大叔报告着,而旁边站着的正是小智的老相识火村!
不过那个大叔也是有些本事,竟然发现了隐藏的小智等人,既然被发现了,小智干脆大大方方领着众人走了出来,有烈空坐与代欧奇希斯在小智丝毫不怂他!