琼华宫地下两层，地上三层，一共五层，通体汉白玉大理石外墙，屋顶沿用了传统黄色琉璃瓦重檐宫殿屋顶，占地面积高于乾清宫，但却低于皇极殿。
进入琼华宫一楼，正中间是一个非常宏大的大厅，大厅中间靠北位置摆放着类似乾清宫正殿的宝座，宝座上面自然摆放着朱由校的龙椅。
大厅层高超过五米，中间吊着可摆放蜡烛的吊灯，地面仍然沿用皇家专用的金砖。
琼华宫一楼大厅两侧，沿用了类似乾清宫东西暖阁一样的布局，只不过前后隔成了两个部分。
东南面的那间房子，类似于养心殿一样，成为朱由校接见大臣与处理日常政务的场所，北面那间则是朱由校的私人健身房。
西面靠南面的那间房子还是类似于养心殿一样，作为摆放朱由校的收藏品，北面那间则是上二楼的楼梯。
二楼布局与一楼则完全不同，除了中间的一个较大一点的会客厅外，其它则是御膳房、餐厅、陈列室与娱乐室。
当然，还有卧室与浴室，不过这个主要是给王承恩、方正化等值守大太监们临时休息使用的。
三楼才是朱由校真正的私人空间，里面主要是书房、陈列室、卧室、浴室与餐厅，怕死的朱由校，卧室安排了六个。
除了怕死多设了几个房间，另一个则是作为未来等待侍寝的妃子们临时居所。 贼天子
琼华宫除了主建筑与东西配殿外，旁边还建了两座供伺候朱由校的宫女太监们居住的值房。
至于朱由校为何会地下还建有两层，一个是作为仓储使用，另一个则是作为紧急避难所。
随着火器的日益发展，躲在地面的建筑已经不安全了，得必须建设地下避难所以防万一。